【Rでデータ解析】複数フォルダに含まれる，目的のファイルへのパスを抽出する

最近は，生体時系列の解析ニーズが高まっていると感じます．Fitbitで計測されたデータの分析を頼まれることも多いです．

今回は，個人ごとにフォルダが分けられているような場合に，分析したい目的のファイルへのパスを抽出する方法を紹介します． 分析に使うのは，Rです．

目的のファイル名が固定のとき

以下のフォルダ構造のように，ID_01，ID_02などのフォルダがあり，各フォルダの中に，heart_rate.csvが存在する場合を考えます．

DIR
├── ID_01
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── heart_rate.csv
├── ID_02
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── heart_rate.csv
├── ID_03
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── heart_rate.csv
├── ID_04
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── heart_rate.csv
└── ID_05
    ├── hoge1
    ├── hoge2
    └── DATA
        └── heart_rate.csv

このとき，heart_rate.csvへのパスを取得したければ，

DIR <- "上の図のDIRへパスを指定してください"
PATH2csv <- list.files(DIR,pattern="^heart_rate.csv$",include.dirs=TRUE,full.names=TRUE,recursive=TRUE)

のようにしてください．そうすれば，PATH2csvに，フルパスがすべて入ります．

　ファイルを一つ読み込んで処理するときは，i に番号を指定して

i <- 1
DAT <- read.csv(PATH2csv[i], header=TRUE)

などとしてください．

目的のファイル名の一部が共通のとき

以下のフォルダ構造のように，ID_01，ID_02などのフォルダがあり，各フォルダの中に，?????_heart_rate.csvが存在する場合を考えます．?????のところに，何か文字が書かれているとします．

DIR
├── ID_01
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── 29809_heart_rate.csv
├── ID_02
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── 97232_heart_rate.csv
├── ID_03
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── 836887_heart_rate.csv
├── ID_04
│   ├── hoge1
│   ├── hoge2
│   └── DATA
│       └── 09673_heart_rate.csv
└── ID_05
    ├── hoge1
    ├── hoge2
    └── DATA
        └── 24362_heart_rate.csv

このとき，******_heart_rate.csvへのパスを取得したければ，

DIR <- "上の図のDIRへパスを指定してください"
PATH2csv <- list.files(DIR,pattern="*.heart_rate.csv$",include.dirs=TRUE,full.names=TRUE,recursive=TRUE)

のようにしてください．そうすれば，PATH2csvに，フルパスがすべて入ります．ポイントは，共通部分heart_rate.csv$の前に，*.を書くことです．正規表現を使いこなせば，探すファイル名の詳細をしていできます．

chaos-kiyono.hatenablog.com

パスの部分とファイル名を分離する

上の例では，フルパスを取得しました．場合によっては，パスの部分とファイル名を分けたいときがあると思います． パスのみを切り出したいときは，

i <- 1
dirname(PATH2csv[i])

ファイル名のみを切り出したいときは

i <- 1
basename(PATH2csv[i])

としてください．