ケィオスの時系列解析メモランダム

時系列解析、生体情報解析などをやわらかく語ります

【R】線形混合モデルをとにかく使ってみる

今回は、線形混合モデル(Linear Mixed Model, LMM)のお話です。学生の皆さんが線形混合モデルを使った分析のイメージをつかむのに役立てばうれしいです。 線形混合モデルは、 「たくさんの人からデータを集めたとき、個人差も考慮しながら、いろいろな要因…

【講義資料7/23】フーリエ変換を体験

理屈は抜きにして,時系列の「周波数成分への分解」を体験するために,以下のRスクリプトを実行してみてください. どんな時系列も、正弦波の重ね合わせで表現できる Copy # 時系列の設定 (自由に決めてね) # c(...)の中にコンマ区切りで書く.長くすると…

複雑なシステムを理解するための分類の考え方とその歴史的背景

生物のような複雑なシステムを理解しようとするとき、私たちは対象をそのまま扱うのではなく、ある種の「単純化」や「整理」を行います。その代表的な方法が「分類」です。たとえば、生物の系統分類、ニューロンのタイプ、臓器の機能ごとの分類、あるいは生…

【7/9講義】 心拍変動を見てみる

Head-up Tilt Test Head-up Tilt Test(HUT)は、仰臥位から頭部を傾斜させた立位姿勢(例:20~60度)に変化させることで、自律神経系の反応を評価する方法です。仰臥位では副交感神経が優位であり、心拍変動(HRV)は比較的大きく変動します。傾斜位に移行…

【R】2次元正規分布を観察

2次元正規分布は、2つの連続変数が同時に正規分布に従う場合の確率分布を表すものです。これは、1変数の正規分布を2次元空間に拡張したものであり、2変数間の相関関係も含めて記述しています。 たとえば、身長と体重、温度と湿度、脳活動の2つの信号など、同…

【R】スマートに検定を使う前に数値実験で考えてみる

今回は、理論的に導かれる検定手法を適用する前に、数値実験(モンテカルロ・シミュレーション)を通して、検定の考え方を考察します。 母比率の推定 母比率(population proportion)とは、母集団の中で、ある条件を満たす要素の割合のことです。 例えば、 …

【R】ちょっとした演習問題

R言語の入門演習です。 問題1:ベクトルの作成と基本統計量 問題2:指数関数の計算 問題3:データフレームと平均計算 問題4:ヒストグラムの作成 問題5:中央値と四分位数 問題6:カテゴリデータの頻度表 問題7:散布図と相関係数 問題8:データのフィルタリ…

初めての入院

今回は私の入院体験談です。今、入院中ですので、病院のベッドの上で、スマホを使って書いています。 入院の前日から腹痛と下痢を繰り返していましたが、翌日には腹痛はおさまったので、回復したかなと思っていました。でも、また夜にお腹が痛くなり、深夜1…

【Rで確率の数値実験】n枚のコインを投げると何枚表が出る?

確率や統計を学びはじめるとき、「数式ばかりで難しそう」と感じるかもしれません。でも、確率というのは本来、私たちの身近な「偶然」や「運」を対象とした概念です。たとえば、コインを投げて「表」がでるか?「裏」がでるか? ―― そのような試行を考える…

デジタルバイオマーカー (dBM)って何?

近年、デジタル技術の進歩にともない、医療やヘルスケア、ウェルネス、労働安全といった分野で、「デジタルバイオマーカー(Digital Biomarker:dBM)」の活用が新たな診断・評価・管理の方法として注目されるようになっています。 dBMとは、ウェアラブル機…